要想实现医疗信息化的互联互通，尚需解决以下五个问题。一是设计标准的建立与统一。美国早在1977年就确定了M(MATLAB)语言作为医疗行业程序设计的标准语言，这也是美国的第三个国家标准语言。由于医疗行业数据关系的复杂性与特殊性，所以M语言一经确立之后，就迅速在医疗行业得到了大规模使用，也正是得益于标准的建立，美国的医疗信息化建设才取得有今天的发展成就。而反观我国的医疗信息化软件在语言标准方面，则是C/S（Client/Server，客户机/服务器)与B/S（Browser/Server，浏览器/服务器)两种结构均有使用，而这两种结构的互联互通从现有技术角度来说则较为复杂，也许随着html5技术的成熟与普及，可以做到二者的互通。但对于医院来说，开支将会大幅增加。此外，从投入成本来说，B/S结构软件一般只有初期一次性投入成本、维护成本较低，对于大型医院来说，有利于软件项目的控制和避免IT黑洞，而C/S结构的软件则不同，随着应用范围的不断扩大，投资也会连绵不绝，而国内绝大多数医疗信息化企业恰恰采用的又是C/S结构软件。二是第三方独立评审机构缺失。如HIMSS（Healthcare Information and ManagementSystems Society）就是一个独立的、非营利性NGO（Non-Governmental Organization，非政府组织）。而国内医疗信息化系统的评级还缺乏公正、可信赖的第三方独立机构。国内目前仅有卫生部医院管理研究所对医院电子病历系统进行评级，但是，由于体制等诸多原因的存在，其评审结果并不被太多医疗机构所认可。这也恰恰是印证了北大人民医院院长王杉所说的“医院在信息化建设方面去找在国际上被大家认可的评价体系进行评审，确实有助于医院信息化的提升”。三是医院管理者的认知偏差。长期以来，医院管理者对医院的发展存在“重硬轻软”的观念，热衷于医院的基础建设与医疗设备投资，轻视医院软实力（如信息化软件、内部管理、诊疗规范化等）方面的建设。尤其是在医疗信息化方面的建设，不少管理者更认为是能够满足基本要求即可，缺乏更多投资动力。四是信息化建设各自为政。如卫生行政部门出资建设的，可能侧重于医疗服务监管；医院出资的，更侧重于医疗服务的使用；医药行业投资的，侧重于药品用量分析；社保投资的，可能注重社保报销等。如何对这些平台资源进行整合与高效利用，也是需要协调各方利益的一项重大工程。五是信息化的建设缺乏统一规划。医疗信息化的互联互通必须融入到国家或各地方政府的医改方案中，统一搭建区域医疗卫生信息平台，通过搭建统一的信息平台实现资源全面整合与共享，以提高患者就诊便利性和降低诊疗费用。